地方政务动静不大，军务上却是作了大手笔的调整！
第一件事情，就是全面裁撤卫所官兵，凡是在卫所军籍者，全部解除军籍，挑选其中精壮进入各镇，由朝廷补充军饷，成为募兵；年老体弱者，赐予田地成为农民，免除五年税赋；即日起，各省卫所将领分批召回兵部考核，考核合格者，另行委用，分散至各军镇之中任职，考核不合格者，免去本兼个职，不得再次录用，裁汰出局。
各省防务交由指挥使与总兵共同管辖，云、贵、闽、粤、桂、赣各部署一镇兵力于要冲，宁靖地方；四川、湖广、浙江、陕西各两镇兵力，南直隶两镇兵力，应天府四镇兵力，除开南京三镇之外，在筹建一镇，组建京军，一共二十镇兵力，二十位总兵官，一镇兵力省份，都指挥使由总兵兼任；两镇兵力以上省份者，设立总督，统领一省军务，每镇兵力核定员额一万八千人，南京四镇作为京军，每镇配置两千火枪军，组建火枪步骑营，如果再算上中原的五镇天威军，总兵力，也要接近五十万兵力了，其余的多一个不要！
除了陆地的二十五镇之外，设立大明皇家海军福建水师、江浙水师两镇水师，福建水师总兵郑芝龙、江浙水师总兵郑浩天。徐一帆以兵部左侍郎总督天威军，负责河南军务，统筹中原所有战事，秦牧风任京军总督，负责江淮军务；李定国总督陕西军务，率兵北上，防御山西的清军南下；黄得功总督湖广军务，负责防范四川的张献忠，以免张献忠再次杀出四川；
在军务上，朱杰自然是行家里手，一言而决，即便是孙传庭都不会过多置喙，孙传庭甘拜下风，自愧不如的，皇上制定方略，自己照着执行就是，绝对不会出现任何岔子！
部署好军务，紧接着，朱杰再次掷出了大手笔——成立皇家科学院，负责全国勘探、天文、立法、从事各种器械、军械的研究事务；宋应星成为科学院第一任院长。
单单是成立皇家科学院，倒是还不至于引起一片哗然，要命的是，朱杰为皇家科学院送上的大礼——第一件事情就是封宋应星为文运候，自宋应星起，之后每一届皇家科学院院长全部得文运候侯爵，永不更易；凡是入选皇家科学院的学者，一律赐子爵爵位，有突出贡献者，甚至可以晋升为男爵、甚至伯爵！
消息一出，整个朝野都沸腾了，就是一些泥瓦匠，木匠，就可以得爵位？擦了，还有没有天理？还有没有天理？非但是军方将领，即便是文臣们也大都不满，极为不满，众多朝臣为国操劳数十年，可都从来没有得过爵位啊，大明朝向来晋升易，得爵男，有非军功不得封爵的律例，即便是刘伯温那么大的功劳，也不过得了一个诚意伯而已，太难了！
但是，朱杰毫不为其所动，一句话，所有皇家科学院的学者，必须授予爵位，当然了，想要进入皇家科学院，那可是有着绝对严厉的要求的，必须经过三位皇家科学院的学者联名举荐，交由皇家学院审议，考核，方才可以进入，同时还要在科学院中试用一年，考核通过，方才能够留在皇家科学院，而且，皇家科学院每年只有十个汉人名额，五个番邦名额，这可是真正的殊荣，要知道整个大明朝，即便是尚书，都有十多位呢！
朱杰非但授予这些人爵位，皇家学院设立皇家恪物奖赏规制，第一等赐金牌，赏银万两；第二等赐银牌，赏银五千两；第三等赐铜牌，赏银三千两，未来哪一个人能够研究出足够的成果，皇家绝不吝惜赏赐，除了这个每年评议的奖赏制度外，还对有所发明创造、研究成果的人进行表彰，只要其成果在皇家科学院通过审核，那就可以领取一定的奖励，最高者，奖赏高达一千两纹银！