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在观海卫驻扎的海军统领郑芝凤接到舟山败报时，已是七日之后，此时施琅率领着整编后的一百五十艘战舰已起航北上，并未与郑芝凤的舰队决战，而是直扑镇海、金山二卫。
郑芝凤本想追击施琅的舰队，却发现风向、潮流都是利用由北攻南，若此时去追击施琅，被施琅的舰队调头攻击，郑家水师怕是会损失惨重。
郑芝凤无奈之下，只能暂时息兵，决定等风向、潮流有利之时再行北上与施琅的舰队决战。
施琅的舰队到达镇海、金山二卫后，立刻攻占了二卫的军港，并与方原水路合击，打得死守二卫的倭兵只敢躲在卫城里，动弹不得。
镇海卫、金山卫的海路补给线被切断，二卫里的倭兵没了后援，已是粮草断绝，坚守了十日，将卫城里能抢的食物全抢了，仍是食不果腹，只能苦苦的支撑，巴望着郑家的水师能从海战来援。
在观海卫指挥的松平信纲知二卫的倭兵断绝军粮已有十日，若再不派舰队打通救援二卫的海路，四万倭兵必然全军覆没。
他一再责令郑芝龙、郑芝凤立刻派舰队出战，至少也要救出被围困在二卫的倭兵，否则今后倭国不仅会断绝与郑家的交往，更会与方原商议投降，转投方原一方。
郑芝龙迫于松平信纲施加的压力，更要维护与倭国的盟约，强行下了军令，迫令郑芝凤立刻率观海卫的两百艘出战施琅，打通海路补给线。
郑芝凤无奈之下，虽然战机未到，却只能勉强带领着两百艘战舰组成的水师舰队浩浩荡荡的北上，与施琅进行最后的决战！
双方的舰队在杭州湾以北遭遇，天时地利人和全部占优，施琅早做好了战备，令来自镇海、金山二卫的舰队两面夹击郑家舰队，他自己则率着三艘新型巨舰，在郑家的战舰中横冲直撞，当者披靡。
郑家水师强撑了两日两夜，在损失了七十艘战舰后，终告不支，败退回了观海卫。
施琅以二十五艘战舰损失，击沉了郑家六十四艘战舰，俘获了六艘战舰，又大胜了一场。
杭州湾海战后，郑家北上的水师只余下一百二十余艘，而施琅的舰队已达到了一百七十艘，胜利的天平已彻底的偏向了施琅一方。连战连败，无论军心士气，还是战舰数量都落在下风的郑芝凤不敢再主动出击，派出运输船接回了攻占海宁卫的郑军，退兵坚守观海卫。
郑军一撤退，两千玄甲铁骑立刻收复了海宁卫。唯一还在死撑的，就只有镇海、金山二卫的两、三万倭兵。
玄甲军在二卫前设置了一重栅栏，一道大壕沟，将整个卫城围得水泄不通，并以一千火枪手轮流看守，防止这些倭兵偷出卫城，四处溃散，给苏州府、松江府的百姓造成巨大伤亡。
倭兵在饿肚子，日夜火炮炮击的双重折磨下，坚持了二十日，仍是见不到海面上有前来援助的水师，再也支撑不住，黑田忠之派出使者想与方原谈判，愿意有条件的投降。
方原接过倭兵使者带来的和谈书信，看都不看，直接就撕了。
倭兵的这次入侵，不仅造成了镇海、金山二卫城防的严重破坏，更给太仓州、上海县的百姓造成了巨大损失，打不过就想投降？简直是在做梦！
方原直接将倭兵使者砍了头，悬挂在阵前，态度十分的坚决，不接受投降，镇海卫里的倭兵只有两个下场，要么战死，要么去海里喂王八。
黑田忠之的和谈请求被拒绝，迫于无奈，只能组织起还能活动的八千倭兵，出了卫城城门，便开始突围。
因玄甲军火力凶猛，再加上一道难以逾越的大壕沟，倭兵根本无法越过壕沟突围，两日两夜的激战下来，被打死在壕沟、栅栏前的倭兵至少有三千人之多，尸体是堆积如山，隔了数十里仍是恶臭连连。
倭兵最后一波困兽之斗仍是失败告终，再没了后续的攻势，只能坐以待毙。
方原令赤古台率三千玄甲铁骑回师湖州府，突袭仍未攻陷湖州府的郑森主力，再向围困金山卫的景杰发出军令，也抽调三千铁骑，配合赤古台的攻势，两面夹击湖州府的郑森，将郑军彻底赶出湖州府。
七日之后，湖州府传来捷报，被狙击在湖州城下二十日，士气低落，更是疏于防备的郑军主力被六千玄甲铁骑左右夹击，刚一交战就溃不成军，郑森见无法再战，立刻败军退回杭州府。
玄甲铁骑一路追杀至钱塘卫才收兵，这一战歼灭郑军八千余，还包括两千最精锐的虎贲近卫。郑森的四万郑军主力，经过连番大战，仅余一万七千，惨败而归，再无力，也不敢再越过湖州府雷池一步。