攻占淡水城，郑军的主力已尽数被歼，方原挺进台南，征服台湾的步伐已不可阻挡。唯一还能对方原构成些些威胁的，只有煽动混乱不成，逃回台中深山老林的阿美族。
山地特种营、泰雅族等原住民两军一同进入台中中央山脉的深山老林开始围剿阿美族的领土，方原则率一万五千大军从淡水城出发，进军台南。
因台西一线都是泰雅族，还有一些小族的领地，泰雅族爽快放行之后，方原的大军毫无阻拦的进发到台南。玄甲军军容齐整，军威赫赫，沿途台南各小族部社是望风而降，根本不敢抵挡。
五日后，方原的大军到了离台湾城一百里之地就得到前方的军情，郑森已率军退出台南的军政中心台湾城，逃往与台湾城隔江而望的赤嵌城。
如今的台湾城已是一种不设防的空城，方原令冯廷率五千先锋去接管台湾城的防务；纳吉去占领郑氏府邸，还有库房，清点财物；又令张英率两千人前去赤嵌城，攻打逃亡的郑森。
两日后，方原的大军到了台湾城外，远眺这座尼德兰人修建的西式风格的军城，确实与大明的城堡风格迥异。见惯了中式城堡的方原，突然见到这种堡楼林立，上中下三层防线的城堡，是分外的新奇。
方原叹声说道，“老胡，这座热兰遮城确实是易守难攻，若郑森不是孤注一掷的北上偷袭，而是选择坚守热兰遮城。要攻克这种坚固的军城，确实要费很大的周折。”
胡琦也是第一次见到这么新奇的西式城堡，接口说，“方总督神兵天降，郑森怎么打也是败亡之局。”
他这个马屁拍得方原甚是舒服，幸亏趁着郑森在台湾立足未稳就发兵征讨，才一举功成。若等郑森在台湾岛上经营几年，整合所有的原住民，编练成军，必成沿海诸省的心腹大患。
方原、胡琦刚一入城，见到的不是整齐划一，守卫有序的安民场景，赫然是乱兵劫掠城池的惨状。
城堡内军营、屋舍之间，竟有数之不尽的玄甲军士光天化日之下，当街奸**人，甚至还有三五成群的轮奸。
军人的淫笑声，女人的尖叫惨呼声不断传来。
方原几乎不敢相信自己的眼睛，眼前这帮公然奸**人的，是他统率的玄甲军，还是左良玉的匪兵？
胡琦见他呆呆立在马上，神色渐渐转为阴沉，已知方原是动了真怒，忙下令说，“锦衣卫，立刻将这些奸**人的匪兵捉拿问罪！”
锦衣卫刚要出动，方原已冷声说道，“特战军出动，将热兰遮城里，所有奸**人的玄甲军士缉拿。老胡，你率锦衣卫进城，将冯廷、纳吉二人给我扣了问罪！”
胡琦稍稍一怔，方原这一次不仅要捉拿奸淫的军士，连冯廷、纳吉二人也一并捉拿，可见是动了真怒，不敢再多嘴多舌，立刻领命，带了锦衣卫、特战军进城执行军令。
四个军堡拱卫的总督府邸内
方原面色阴沉的坐在议政厅里，听着胡琦汇报的情况。
热兰遮城的女子有一千余，是是台湾本岛的汉人，原住民女子，被郑军劫掠来当军妓的。这次奸**子不是一次个别军人的单独事件，而是一场有计划、有组织的群**淫事件，被逮捕的涉案军士达三百五十七人。
犯事的玄甲军士全属冯廷从福建带来的军士，全被扣押在台湾城的地堡之内看押。
方原这次出征台湾的军士分成三部，一部是由方原从南直隶带来的，一部是山地特种营，还有一部就是留守福建的玄甲军士。
方原亲率的这支玄甲军是军纪严明，不敢有丝毫违纪的行为，入城之后，只是占领了整个军城内的十来个堡楼，以防不测。