就在朱由崧的剑要落下来的时候，有一人突然跪倒在朱由崧面前为钱谦益求情，此人非别，正是无端被他的老师迫害的郑大木，黄宗羲、郑鸿逵等人愕然。
朱由崧心中一动就没往下落这一剑，这时郑大木道：“陛下，师徒如父子，虽然老师犯下不赦之罪，但大木斗胆，请陛下高抬贵手，留老师一命，如果可以，大木愿意代老师受过。”
都认为此时最恨钱谦益的应该是郑大木了，然而关键时刻郑大木却出面为钱谦益求情，而且愿意代师受过，代师受过，这可不是说着玩呢，当着皇上的面，那就是愿意替钱谦益掉脑袋、坐牢！
这是众人始料未及的，特别是知道内情的东林骨干们，一时间对这个国子监的学生、二十岁的年轻人，全都肃然起敬。
此时学生和老师，人品之高下，犹如云泥。
此时心里最感动和负罪的当然是钱谦益了，钱谦益老泪纵横，无地自容了。
在场的人感动之余，全都看向朱由崧，但朱由崧的剑还是落下来了，东林党人包括柳如是在内，把眼一闭，认为钱谦益必死无疑。
但是朱由崧这一剑下来后，并没有鲜血迸流，脑袋骨碌在地的情景。
众人仔细一看，朱由崧这一剑只是把钱谦益的乌纱帽扫去了一半，只剩一个圈和两边的翅还戴在头上，就像个没顶的草帽一样，由于剑锋吹毛利刃，钱谦益发髻被斩落大半，露出脑瓜皮，像是被剃了头一样，钱谦益顿时魂飞魄散晕倒在地。
一瓢冷水钱谦益又醒了过来，狼狈不堪的他惊魂甫定后，赶紧叩头谢恩。
朱由崧将宝剑还匣，对钱谦益道：“朕看在大木的份上不杀你，但也绝不再启用你，朕赐你出家。”
就这样，钱谦益被革除了一切功名，朱由崧擢任吴伟业为礼部尚书，不久南京城紫荆山下的一座小庙，钱谦益和柳如是把女儿小如是交给了朱由崧，一个落发为僧，一个削发为尼。
随后朱由崧从钱府里搜出大量的书信，主要是与左良玉来往的信，有真信还有伪信，还有几封是与郑芝龙的来往信，由于钱谦益等人均已招供，因此，这些信朱由崧看都没看，全部当众焚毁。
方以知、陈贞慧、冒襄、李香君、董小宛等，这些东林复社的骨干才女们也全都被免除了死罪，这些人感念皇恩，连同黄宗羲在内都愿意认罪归顺朝廷，朱由崧甚至连大牢也没让他们蹲，朱由崧的理由是，既然连钱谦益这样的罪魁祸首都赦免了，何况是这些人呢？
在贺宣娇等人陪同下，朱由崧扯着小柳是，从钱府回到谨身殿西暖阁，朱由崧让金皇后负责照看小如是，面对如山的文举策论试卷，卢九德请示如何处理，朱由崧一笑：“如期如众举子开榜，到于这些策论嘛朕也不用一个个再细看了，但也别浪费，天气这么冷，当柴火吧。”
“陛下圣明，这玩意儿好烧，还没烟，正适合取暖。”卢九德也不敢乐，躬着身子应诺着。
接下来东林书院被拆除了，说是拆除其实就是换了招牌，是为朱由崧亲笔的“皇家书院”，皇家书院与国子监齐名，书院除了清洗后的东林学子外，还招收落弟的贡生继续就读。
新成立的皇家书院隶属于礼部，学院具体事务由儒学大师刘宗周负责，在里面讲学做学问的除了刘宗周本人之外，主要还有黄宗羲、方以知、陈贞慧、冒襄、李香君、董小宛，等等。