祖海最初也是辽东祖家军的成员之一，跟祖宽、祖克勇等人一样曾是祖大寿的部下，关宁铁骑的骨干将领之一，最初他们都离属于袁崇焕。
袁崇焕被凌迟处死之后，祖海投靠了权倾朝野的马士英父子，成为锦衣卫都指挥使马銮的死党，马士英在朝内有锦衣卫给他撑腰，在朝外江北四镇总兵均受他节制，因此马家父子成为当时最有实权的党派之一，又拉拢阮大铖，就连东林党也惹不起他，严重威胁到朱由崧的皇权，加上又以拥立之功自居的马士英常常以兵威上殿面君。咄咄逼人的态势令那个朱由崧得看着马家父子的脸色说话。
正这个时候，朱由崧穿越过来了。
朱由崧刚刚穿越过来的时候，首先的目标是清洗厂卫，首先收拾的就是位高威胁到皇权的马士英和马銮父子。
朱由崧急诏郑鸿逵，并让他在锦衣卫任要职，仅次于锦衣卫都指挥使马銮，祖海先是郑鸿逵的部下，却仗着马銮的势力处处压制郑鸿逵，直到郑鸿逵忍无可忍，因为一个大礼寺卿李沾，两个人大打出手。
朱由崧深夜及时赶到，以初步的武力制住了祖海，祖海认为这次必然大祸临头，不说祸灭九族，至少脑袋保不住了，但是没想到朱由崧赦免了他，仍然委以重任。
祖海感念皇恩，从那以后，祖海死心塌地的保了朱由崧，帮助朱由崧设计除掉了马銮和马士英，立下了汗马功劳。
朱由崧牢牢地把锦衣卫抓在手中，这支枪杆子成为他穿越过来的第一桶金。
也是因为有了这一支枪杆子，才使他稳定京师，剿灭奸党，外出收拾四镇军阀成为可能。
朱由崧恩威并用，也没亏待这位时任锦衣卫都指俭事的祖海，擢升郑鸿逵为锦衣卫的都指挥使，升祖海为锦衣卫的都指挥同知，郑鸿逵不在锦衣卫任职之后，朱由崧又擢升祖海为锦衣卫的一把手——锦衣卫都指挥使，掌管着整个锦衣卫，就连位高权重的李全也屈居在他之下。
祖海更加感念龙恩浩荡，对朱由崧忠心耿耿，特别是朱由崧御驾亲征这一年多的时间里，他在京师一天也没有懈怠，指挥着锦衣卫对文武百官时刻监视，使得朱由崧长期不在京师，但京师秩序仍然井然，下至黎民百姓，上至文武百官，没有一个敢妄议朝政，对朱由崧不利的。
朱由崧收拾完了四镇军阀，又将满清鞑子驱赶到了关外，又把京师从南京迁到了北京，重新登基坐殿，北京的局势刚刚稳定，祖海作为朱由崧的第一禁军的一把手，对朱由崧更加赤胆忠心，他和李全配合默契，文武百官，黎民百姓，三教九流，五行八作，无不在厂卫的监视之下。
郑芝龙造反的消息传到北京，祖海首先就替他的陛下想到了郑家在京城的势力，不只是郑鸿逵，郑成功和郑彩，还有这个自己的得力助手、锦衣卫的二把手、东厂的掌刑千户李全。
祖海怀疑李全没有半点私人恩怨，主要是李全曾是郑鸿逵的心腹爱将，郑鸿逵奉旨镇守镇江的时候，李全是他的亲兵卫队长，如果再往前追溯，李全的老家在福建，也是郑家军的将领之一，跟郑芝龙郑鸿逵等人一道出身海盗。
现在郑芝龙造反了，对朝廷威胁最大的显然不是郑芝龙和唐王朱聿键在福建和广东的势力，而是京师以郑鸿逵为首的几个姓郑的，当然包括这个李全，郑鸿逵，郑成功，郑彩，李全，这四人组合实力太大了，手握重兵，权倾朝野，一旦他们四个策动手下发动哗变，京师必然有一场血战，后果不堪设想。
祖海曾被这李全暗中向朱由崧建议，先夺了这四个人的兵权，把他们控制起来，但朱由崧同样是付之一笑，不置可否。