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朱由崧仍然水陆并进，分三路进攻唐王朱聿键，他采取的具体策略仍然剿抚并用，唐王现在自称隆武帝，拜郑芝龙为内阁首辅助加太子太保兼兵部尚书，拜黄宗羲龙途阁大学士内阁次辅，加太子少保，现在在的这个朱聿键就指望这二位混。
朱由崧让张献忠的带十万大军绕走赣州，然后南下直插福州，随军听用的大将基本上是还是原班人马，有李定国，祖克勇和马保，把刘文秀调出来任水师副统领随朱由崧出征。由于沐天波也不在，因此朱由崧将大将马万年和陆校调配给了张献忠麾下。
李自成还是原班人马，也让他统兵十万，走梅州过龙岩，攻取泉州，
第三路人马由朱由崧亲自统领，走沿海一带，目标是漳州和厦门，只有攻取了这两地，才能拿下金门岛，救郑鸿逵叔侄二人。他这路人马连御营算上共十一万人，包括五万水师，其余岸上的兵将共六万人。
朱由崧知道这是一场硬仗，关键是水战，郑芝龙大海盗头子，盘居福建沿海多年，水师实力雄厚，拥有上千艘战舰，不少于三万的水师，而且他海战经验丰富，手下有一帮铁哥们儿，都是海盗出身，他们曾经多次在海中击败过葡萄牙和荷兰两个海上霸主，因此朱由崧不敢小瞧这个强劲的对手，这也是这次他亲自要统兵作战的原因。
另外，考虑到李自成和张献忠这两路人马没有水战，因此朱由崧把熟悉水战的刘文秀也从张献忠那里调过来，刘文秀水里的本事仅次铁臂苍龙贺兆雄，据说此人在水里游泳如走平地，岸上的武艺也好，指挥作战有勇有谋，曾经是张献忠水师统领。
因此朱由崧把他调过来，作贺兆雄的副将，在水军的具体任职是水师都指挥同知，仍然由铁臂花龙贺兆雄任水军都指挥使。
朱由崧的水师发展很快。这些年朱由崧北驱鞑子，西讨伐李自成和张献忠的时候，水战不多，只是在长江流域和黄淮流域进行过几次水战，贺兆雄指挥的水师发挥了重要作用，没有水战的日子里，贺兆雄也没有闲着，按照朱由崧的部署，招蓦水师贤良，加紧操练水军，经过这两年的积蓄发展，现在朱由崧的水师实力非常雄厚，拥有五万精兵。
除了刘文秀任吴副将外，朱由崧还把李全和柳春红夫妇也临时编到了水师营听用，李全是郑家军的一员，海盗出身，原是郑鸿逵的部属，水里的本事就不用说了，他的妻子柳春红乃是绿柳山庄的人，是铁臂花苍龙贺兆雄和侠女贺宣娇亲手教出来的，在追随朱由崧以前，柳春红是贺宣娇的贴身丫鬟，现在嫁给了李全，在军中也是正千户之职。这样一样，水师营有水陆皆能征战的大将四员，至于水手、潜游能手、炮手、弓箭手就更多了，可谓是人才济济。
水师营这次调来大小战船一千五百只，包括运兵船，运粮船、炮舰等各式战舰。如果发生了水战当然全指望炮舰，调过来的水师营现有各种炮舰五百余门，这些炮舰装备精良，大号的炮舰配备二十四门火炮，有射程最远的红衣大炮，有射程稍近的一些的千斤佛朗机，中号的炮舰配备有各式火炮十六门，小号的炮舰配备各型火炮八门。
这一千多只战舰可不都是朱由崧伐木建造的，他只造了一小部分，绝大部分是战利品，其中有一大部分是缴获左良玉的，还有一部分是张献忠的，修整之后，全都拿来归朱由崧所用。