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郑成功用谈判的方式教训了嚣张不可一世的荷兰侵略者，这些红毛贼撂下狠话，拂袖而去。大批的荷兰军舰，陈兵台海，这些全在朱由崧的掌控之中。
因此，在接到郑成功谈判的正式奏报之后，朱由崧立即召开御前军事会议，出席这次会议的有兵部尚书刘肇基，大学士宋献策，谋臣严锡命，水师统领贺兆雄，郑鸿逵，刘文秀，姚启圣和施琅等等水陆两方面的高级将领。
这次会议的主要议题就是，研究部署攻台方案。一旦荷兰红毛贼进行军事干预，也就是我们武力解决台湾问题之时。
现在朱由崧也推测出来了，荷兰红毛贼突然出面干预，有伪帝朱聿键和郑芝龙的因素在里面，那么现在的海战就需要两线作战。
让文武众将各抒己见之后，朱由崧与铁臂苍龙贺兆雄敲定了最后的分兵方案，对台作战兵分三路，第一路一万水师，由郑成功担任主将，刘国轩担任副将，李全和柳春红夫妇随军听用，由金门出动，最终目标是夺取澎湖列岛，取得制海权，为登岛作战作准备。
第二路也是一万水师，由施琅担任主将，姚启圣为副将，贺金武随军听用，他们这一路人马，从泉州出发，攻击的最终目标是台湾城和赤嵌城，也就是荷兰红毛贼在台湾地区修建的两座城堡。
第三路人马由水师统领贺兆雄亲自担任主将，总共是5000水师，他们担任的主要是前两路人马的补给和运兵任务。
因为这次海战路途遥远，战线较长，后援补给任务非常重要，另外有200艘大型运兵船，朱由崧给他们5万陆军，这两路是海军，一旦得手，贺兆雄负责一次性运载5万陆军，在台登陆作战，5万陆军的主将是由兵部尚书刘肇基担任，降将郑芝莞担任副将，施琅的父亲施大宣和兄弟施显，随军听用。
也就是说，这次对台湾作战朱由崧调集了水陆两方面的人马将近8万人，无论水陆，全部都是精兵良将。
当然，这三路人马首先要对付的是陈兵台海的荷兰舰队。
水师方面，这三路人马装备非常精良，除了配备的大型运兵船之外和执行灵活作战任务的中小型战船，大战船上的火力配备全部是24门装的千斤佛郎机和红衣大炮。每一条这样的大型战船，都可以形成远近交叉火力打击系统。
在福建沿海一带对郑家军作战水师共16000余人，朱由崧也让他们分兵两路，一路有大将军刘文秀率领8000水师，自西向东进攻平潭岛。
剩下的8000水是为第二路，由郑鸿逵率领，由于这是在他们老家的门口打仗，地理位置应该非常熟悉，朱由崧让他绕着走福宁州，即后世的福建省宁德市一带，自东向西进攻罗源县，两路水师双面夹击，让福建一带的郑家军首尾难顾。