申佑是可敬可叹的英雄加楷模，古人云：“父生之，师教之，君治之，天下之三本。”申佑孩提之时，杖策救父于虎口；弱冠之年，挺身护师于帝前；随驾出征，又为救帝而殉难于沙场。在他24年的短暂人生中，集救父、护师、代君死三节大义于一身，他一以贯之的大义凛然、视死如归的精神，实在是万世之少见。但就是这样一位万世罕见的忠义之士，死后也有冤情。
重返中原的英宗，于景泰七年（1456年）再次登基，他对“土木之变”的死难之臣均予追封、厚赏，但唯独不提申佑，为什么如此可歌可泣的人物，却被历史尘封与遗忘，明代以及后世的有识之士为其大声鸣冤。在英宗的功劳簿里，申佑的名字“不挂一字，谥与荫典不及一言，而土木堡忠臣庙渺焉无闻”，嘉靖年间的御史萧重望对此愤愤不平，他指出，如果没有当年申佑代驾之功，英宗后来何以能够坐享太平，为什么改元登极之时，往事被一笔抹杀？
当年跟随英宗殉难的十六人中只有申佑没有受到表彰，有些人给出了原因：申佑出身于偏远之乡，朝中无亲朋好友为官，朝中无人为其死难呼鸣，而英宗正值“国步艰难之际，倥偬丧乱之秋”，无暇顾及，故而在谥萌祀典死难之臣时遗漏了申佑。
事实果真如此吗？其实不然，英宗之前的代宗就曾对申佑大力表彰，可见其事迹应很确凿。英宗的表彰名录缺少申佑，不是疏忽而是有意回避。
申佑不被表彰的原因其实很简单，申佑之死触及了英宗内心的隐痛，申佑代驾死难是英宗自己想出来的主意，那是他的尴尬而非骄傲，有损帝王的光辉形象。
后来的杨家将故事把这件事进行了升华，改编成杨家父子主动提出要代驾突围，这样处理之后，君臣两方面的形象都高大了起来。但是，土木堡之变的一些事实，在英宗回国之前就已写进了历史，英宗再要更改不那么容易，所以只能回避，以便忘却或掩盖那段令人难堪的回忆。为了讨好皇上，也有人为英宗不表彰申佑的做法开脱。他们辩白说，土木堡之役中有些死难的臣子虽然忠心耿耿，但并没能匡救英宗于危难，而且又发生了太监喜宁降敌、王振伏诛等不光彩的事情，所以褒恤不宜滥施。
这样的说法显然也不能服众，英宗改元登基之后，对有过无功的王振都立庙祭祀，怎么表彰有功之臣反而成了滥施褒恤呢？不难想见，申佑的功绩被掩盖完全是有意为之，英宗不仅自己不提申佑血溅帝衣、代驾死难之功，还压制下级对申佑功绩的评叙。然而申佑的冤情能够瞒过一时，瞒不过一世，公道自在，天理难泯。英宗之后的成化、弘治、正德、嘉靖年间，朝堂之内多有大臣反复为申佑死难之事申冤，要求为其建祠，还以公道。
嘉靖皇帝在位时，终为申佑赐谥“忠节”。嘉靖十年（1531年），巡按御史郭弘化下令为申佑立祠祀之。第二年，申佑的家乡也开始立祠，称“申忠节公祠”，祠内有联称赞：“虎口活父，剑下全君，生民以来无比忠孝；天上游龙，人间瑞凤，霜露所坠莫不尊亲。”“北地风霜尽，千载来吹不散忠臣气魄；南天日月明，百世后犹照见孝子精魂。”申佑的忠烈精神影响了一代又一代仡佬人。