新皇登基，自然是要加封百官，大赦天下的。
第一件事情就是重组内阁，蒋德璟、孙传庭、候恂、毕懋康、宋应星入阁辅政，成为新一任的阁相；
第二件事情，就是改革勋爵制度，改公侯伯三级爵位为公侯伯子男五级十五等爵位；
第三件事情，改吏兵户刑工礼六部，改设吏部、兵部、户部、工部、刑部、礼部、税部、商部、监察部、情报部十部制，分掌朝政，蒋德璟作为先帝的辅臣，威望卓著，而且颇有政绩，自然是被公推为内阁首辅了，同时兼任吏部尚书；孙传庭作为朱杰最为看重的盟友，进身为次辅，兼任兵部尚书，负责全国军务；候恂当年在户部之时政绩颇佳，是历年来，朝廷国库最为丰盈的时候，出任户部尚书，入内阁办事；史可法为人刚正耿直，封为监察部尚书，毕懋康起用为工部尚书，高杰出任情报部尚书，李岩为税部尚书，高弘图出任商部尚书，杨廷枢出任刑部尚书，钱谦益出任礼部尚书，各部各司其事。
钱谦益不过是用来安抚南京权贵阶层的信号而已，如今新君刚刚册立，将反对的人全部打入冷宫，无疑，会引起巨大的纷争的，朱杰自然没有那么傻，总也要贴张安民告示吧，除去钱谦益，还有马士英，同样也保留了庐凤总督的位子，只不过，黄得功的庐州镇却是不能留给他了，让他掌握着一镇的精锐，而且在京畿地带，未免有些危险。至于各家勋贵们，虽然没有得到什么菜头，却也相安无事，只要能够保住各自的爵位，依旧是荣华富贵，可以享之不尽的。
不过，最令人惊诧的是，朱杰竟然下旨直接取消了限制勋贵入阁参政的限制，准许勋贵入阁议政，准许勋贵子弟参加科考，勋贵之中，只要有才能卓越者，可以任职地方，处理一方政务，甚至业绩突出者，调任中枢，也是可以的，消息一出，朝野一片哗然，本来勋贵们以为要倒大霉了，没有想到，皇上竟然一张口就给了一个巨大的馅饼啊，可以参与国家机务了，这是皇上天大的恩典啊！当然，有高兴的，自然就有愤怒的，文臣们对于皇上如此做法，颇为不满，好不容易，在朝堂上方才将勋贵给压制下去了，皇上竟然一开口，就要打破固有的格局，这如何可以？
旨意一出，自然引起了文臣们的反弹，不过，建元皇帝已经下定了决心，哪里还会给文臣们反对的机会？朱杰如今大权在握，对整个朝局控制的死死的，反对无效，再三反对，依旧无效！
不过，这个时候，朱杰却是又起了另外一个主意，取消所有勋贵的丹书铁券，一应爵位，每世递减，一直降到末等男爵为止，也就是说从国公，到男爵，一共五级十五等，哪怕是一等国公，十五代之后，也就成为白丁了，没有了丹书铁卷的特权，没有了世袭罔替的爵位，代之而起的却是可以自由参政，不在设限。
朱杰的意图很清楚，崇祯与士大夫共天下的思路，从根本就是错误的，将这些文官集团都给惯坏了，惯得不成样子了，必须要给他们带上紧箍咒，这个关键的时候，绝对不允许他们给捣乱！同时放开限制，也能够从勋贵集团之中发现一些人才出来，当然，非但是给勋贵集团解除了限制，连带着，皇室一族也都全部解除限制，但凡皇族子弟，失去爵位者，尽皆可以参加科举，特么的，不能再白养活这些人了，必须要让他们自食其力！
朝廷中央枢纽的架构搭建起来了，接下来就是下面各种机构的官员了：裁撤巡抚职务，全面恢复承宣布政使司、提刑按察司、都指挥使司、同时加入传道受业司，各自负责一省政务、监察、军务与教育，四者各不干涉；黄宗羲出任应天府府尹，专司应天府京畿政务；顾炎武出任浙江布政使，朱舜水出任河南布政使；其余各地官员，除巡抚、兵备道官员回调京师外，个安原职。